mpeg2repairHelper
mpeg2repairは壊れたTSファイルを修正するアプリですが、コマンドラインから実行できません。でも、mpeg2repairHelperを使えば、できそうです。
日本語ファイルが扱えないのが難点ですが、ソースコードもあるので、その気になれば日本語を通すように改竄できそうです*1。言語がDelphiなのでちゃんと読めませんが、WindowsAPIを使って、テキストを流し込む方法のようです*2。
mpeg2repairと同じフォルダにexeを入れて、パスを通すと動きます。
実行は、コマンドプロンプト(シェル)から、
$ mpeg2repairHelper 入力.ts 出力.ts
とすれば、始まります。アプリが変換を開始するまでは触ってはいけません(アプリ落ちます)。窓が2つ(helperとご本尊)開いてますが、引数とかでなんとかなるのかとか調べてません。